"Ce fut un plaisir mais aussi un honneur et un privilège de partager toutes ces années avec toi, de vivre tant de moments fantastiques sur les courts et en dehors", a ajouté le champion espagnol sur Twitter.
Federer, et ses 20 titres en Grand Chelem, et Nadal, qui a porté le record à 23 titres, ont longtemps habité seuls les sommets du tennis mondial - jusqu'à l'émergence du Serbe Novak Djokovic -, s'affrontant à 40 reprises (24 victoires pour l'Espagnol contre 16 pour le Suisse).
Leur opposition de style a fait de leur rivalité une légende, doublée d'une amitié qui ne s'est jamais démentie.
"J'aurais aimé que ce jour n'arrive jamais", écrit encore Nadal, 36 ans, dans sa réaction à l'annonce de la retraite de Federer, de cinq ans son aîné.
"Nous aurons encore de nombreux autres moments à partager ensemble à l'avenir, il reste tant de choses à faire ensemble, nous le savons", poursuit l'actuel N.3 mondial.
"Dans l'immédiat, je te souhaite véritablement tout le bonheur possible avec ta femme, Mirka, tes enfants, ta famille", ajoute-t-il.
"Je te verrai à Londres", conclut-il en mentionnant la Laver Cup, compétition prévue du 23 au 25 septembre dans la capitale britannique et qui sera l'ultime compétition du prodige suisse.