Süle, le pilier de la défense centrale, soigne depuis octobre une rupture des ligaments du genou et espère rejouer d'ici la fin de saison. Le champion du monde français, Corentin Tolisso, et le Brésilien transfuge du Barça, Philippe Coutinho, récupèrent tous deux d'une opération à la cheville fin avril.
Par ailleurs, le milieu de terrain Javi Martinez s'est entraîné sans ballon et Flick avoue ne pas savoir s'il sera en état de jouer.
Les autres stars de l'équipe, dont le buteur Robert Lewandowski et les ailiers Kingsley Coman et Serge Gnabry, sont disponibles.
Le Bayern, en tête du championnat avec quatre points d'avance sur Dortmund, n'a plus joué depuis le 8 mars et l'entraîneur lui-même reconnaît qu'il a du mal à évaluer la forme de ses joueurs.
"Nous ne savons pas si l'équipe pourra tenir complètement 90 minutes", a-t-il admis. "Nous nous sommes bien entraînés, dimanche nous avons disputé un match test en interne de trois fois 20 minutes. Il y avait une haute intensité, mais clairement, nous ne savons pas vraiment où nous en sommes".